Для уменьшения фризов при сворачивании и минимизации окон потребуется:
Для существующих пользователей, в каталоге /home/Имя_Пользователя/.fly/theme/ , во всех файлах установить параметры со словом Speed в 0.
Для всех пользователей, которые будут добавлены в будущем, в каталоге /usr/share/fly-wm/theme/, во всех файлах установить параметры со словом Speed в 0.