Мы сталкивались с проблемой подсчета контрольных сумм программой md5sum, действительно в зависимости от образа контрольные суммы могут различаться.
Рекомендуем Вам использовать программу gostsum, кроме того, что она соответствует ГОСТ, также суммы всегда совпадают и на дисках и на образах. Пример использования:
gostsum -d /dev/cdrom (для дисков)
gostsum -d /home/user/1test.iso (для образов)
Образ создается командой:
genisoimage -L -l -N -R -J -v -o /home/user/1test (путь к каталогу с файлами, которые собираются в образ)