Если для формата файлов .sh указать исполняемой программу, отличную от стандартной (например, Kate), то открытие данного файла с помощью "Менеджера файлов Fly" (fly-fm) приводит к запуску текстового редактора vim.
Диагностика
Проверить версию пакета fly-fm:
dpkg -l | grep fly-fm
Возможная причина: Устаревшая версия пакета fly-fm. Перейти к решению.