Создать файл, который будет отрабатывать у всех пользователей при входе в графическую сессию и обновлять иконки:
/etc/xdg/autostart/libr_update.desktop
Внести содержимое:
[Desktop Entry] Type=Application Name=libr_update Name[C]=libr_update Exec=/usr/bin/fly-wmfunc FLYWM_FORCE_UPDATE_SHORTCUT